捕捉动物是核心玩法，玩家需要掌握基础操作机制，通过长按屏幕蓄力获得动力，当目标动物变为黄色时松开手指跳跃，精准落在动物身上即可触发驯服过程，动物头顶会出现爱心进度条，持续点击屏幕直至爱心填满即完成抓捕，不同动物的移动速度和行为模式差异较大，需根据实际情况调整点击时长和跳跃时机，以确保成功捕获。
游戏中存在大量隐藏动物，它们的出现需要满足特定条件，这些条件多样且具有挑战性，包括骑乘同一只动物连续奔跑一定距离，如暗黑野牛需要800米，鸭嘴河马需要1600米；连续换乘不同数量的动物，如特洛伊斑马要求七种草原动物，恐龙犀牛要求七种丛林动物，纯黑鹿要求八种不同动物；以及在特定时间或距离后随机刷新，如雄鸡鳄仅在每天凌晨3点至10点之间限时出现，机械秃鹫在奔跑距离超过1000米后的山坡顶部随机刷新。
不同游戏区域如稀树草原、热带丛林、山脉、澳洲和极地等，都有各自的特殊动物，捕捉方法因区域而异，在极地，雪兔需要连续骑乘六只北极兔，机械狐需在狐狸身上保持约1500米的距离，剑齿海象在极地等级升至五级后于山体后方出现；在澳洲，沼泽考拉在奔跑距离超过2000米后于火树上随机出现，侦察蝠需破坏任意风车建筑；在山脉，动物如蒸汽朋克兽需用牦牛撞翻十只其他动物。
BOSS动物主要通过完成BOSS任务随机获得，这些任务在累计完成一定数量普通任务后触发，动物如骷髅象、鸵鸟老板、火山猩猩、花样虎等便由此途径解锁，对于稀有动物，玩家应了解其特性，准备它们偏好的食物作为诱饵，选择最佳活跃时间段，并利用高级捕捉装备如高级陷阱以提高效率，同时保持耐心等待与观察，根据动物行为调整策略。
捕捉动物还需要注意环境因素和动物之间的互动，例如使用狮子捕食长颈鹿可能触发银河长颈鹿的出现，某些动物如三头凤凰需要在一局游戏中用狮鹫吃掉三只凤凰，迷宫牛头人需要用凤凰撞飞两只牛头人，这些特定动作需在允许复活和换乘的条件下完成。
捕捉动物在疯狂动物园中是一个综合性的过程，融合了跑酷操作、条件达成和策略规划，通过掌握基础技巧、完成特定条件和任务，玩家可以逐步解锁包括隐藏动物、区域特殊动物和BOSS动物在内的丰富物种，从而建设并扩展自己的空中动物园，享受收集与经营的乐趣。
