三之岛、四之岛和五之岛是游戏后期的重要探索区域，分布着多只稀有神兽。三之岛的子岛可捕捉急冻鸟，需通过推石头解谜进入；四之岛的火焰山顶部固定刷新火焰鸟，而山脚可能遇到古拉顿；五之岛的仓库区域需完成密码任务后，有机会在特定草丛中随机遭遇代欧奇希斯。这些神兽的捕捉条件与地形机制紧密关联。
三之岛的子岛是急冻鸟的栖息地，需先通过滑冰场解谜。玩家需利用怪力技能推动岩石填平水道，才能进入深处洞穴。急冻鸟作为冰系神兽，等级约50级，擅长冰属性技能如暴风雪和冰冻光束。捕捉时建议携带克制冰系的岩石或火系宝可梦，同时准备足够的超高级球或大师球。子岛草丛中也可能遇到其他稀有冰系宝可梦如迷唇姐。
四之岛的火焰山是火系神兽火焰鸟的固定刷新点，山顶区域可直接触发战斗。火焰鸟等级约55级，技能组合包括喷射火焰和神圣之火。火焰山地下区域可能遇到地面系神兽古拉顿，需注意其高防御特性。该区域地形复杂，建议提前准备解毒剂和防火装备。火焰山周边草丛有较高概率出现火系宝可梦如熔岩虫。
五之岛的剧情涉及火箭队密码任务，完成仓库解谜后，代欧奇希斯会在特定草丛随机出现。这只超能力系神兽拥有形态切换能力，捕捉难度较高。建议使用黑暗球或计时球提升成功率。五之岛同时分布着三圣柱中的冰神柱和钢神柱，需满足特定条件才会现身。岛屿东部的洞穴深处可能刷新闪电鸟，需携带避雷针道具降低其电系技能威胁。
三座岛屿的神兽分布体现了属性平衡设计。急冻鸟、火焰鸟与闪电鸟分别代表冰、火、电三种属性，而超梦和代欧奇希斯则属于超能力系。不同神兽的栖息环境与其属性特征高度契合，如急冻鸟所冰窟和火焰鸟栖息的火山。玩家需根据目标神兽的属性特点调整队伍配置，例如对抗超梦时需要恶系或虫系技能。
除常规的精灵球和状态药剂外，特定技能如黑雾（消除能力变化）和刀背打（控制血量）能显著提升成功率。每只神兽的个体值范围固定，但性格随机生成，追求完美属性的玩家可能需要多次尝试。岛屿间的冲浪路线隐藏着玛纳霏等幻兽的触发点，需仔细探索海域交界处。神兽战斗后不会消失，允许重复挑战直至捕捉成功。
