S级忍者因其高爆发、强控场和优秀的技能机制成为副本挑战的首选。经过多版本实战验证，秽土转生长门、雷影、秽土三代火影、初代火影等忍者凭借技能组合与实战表现，稳居副本强度第一梯队。这些忍者或拥有大范围清场能力，或具备无敌帧与高连击效率，能高效应对不同副本机制。
其普攻经过强化后流畅稳定，二技能阎王防守提供霸体与减伤效果，一技能三连炮兼具位移与多段伤害，适合快速清理密集敌人。奥义地爆天星拥有全屏吸附效果，对BOSS和杂兵均有极强压制力。雷影则以简单粗暴的爆发见长，四豆状态下技能可破霸体并衔接连招，大招后的双技能重置机制大幅提升输出效率，尤其适合限时挑战类副本。
秽土三代火影的忍术教授特性赋予其极高的战术灵活性。九种技能组合能应对不同副本环境，火遁与金刚牢壁的配合可瞬间清场，而风遁·气旋能打断敌方技能前摇。初代火影的格挡机制与龙形态技能使其攻守兼备，普攻触发格挡后可快速反击，一技能木遁·树界降诞的持续伤害与范围控制对群体敌人效果显著。
选择副本忍者需兼顾技能适配性与操作门槛。长门与秽土三代技能释放需精准预判，适合进阶玩家；雷影与初代火影操作相对直接，新手也能快速上手。忍者获取方式与养成成本也需纳入考量，部分S忍需通过特定活动或高阶招募获取，需根据资源储备合理规划。
